Les filières alimentaires dépendent étroitement de la biodiversité et sa préservation est essentielle pour elles. Cependant, la biodiversité connaît un déclin global sans précédent qui est associé à cinq principales causes , auxquelles les filières alimentaires contribuent fortement :
● Les changements d’usage des terres, principalement dus à l’intensification et à l’extension de surfaces agricoles, conduisent à la destruction, la dégradation et la fragmentation des habitats ou la dégradation des sols et de leurs fonctions.
● La pollution des eaux, des sols et de l’air et la détérioration de la qualité de l’eau qui en résulte.
● L’exploitation directe de certains organismes conduisant à une surexploitation de ressources biologiques lorsque les prélèvements dans le milieu naturel sont trop importants (surpêche, chasse non gérée, etc.)
● Le changement climatique, qui modifie l’aire de répartition des espèces animales et végétales.
● La prolifération des espèces exotiques envahissantes, qui constituent une menace pour près d’un tiers des espèces terrestres menacées et pour le fonctionnement des écosystèmes.